SEJARAH SINGKAT BERDIRINYA MADRASAH
Pada tanggal 22 Januari tahun 1969 berdiri sebuah Lembaga Pendidikan Islam yang bernama PGA atau Pendidikan Guru Agama atas prakarsa para tokoh Nahdlatul Ulama’ di MWC NU Kauman. Lembaga ini melakukan proses belajar mengajar di Gedung Madrasah Diniyah Kauman tepatnya sebelah selatan Masjid Jami’ Kauman.
Kepala PGA yang pertama adalah Bapak Sukeni Moh Ridwan dengan masa kepemimpinan mulai tahun 1969 sampai dengan tahun 1974. Karena pada tahun 1974 Bapak Sukeni Moh Ridwan diangkat sebagai Penilik PENDAIS ( Pendidikan Agama Islam) di Kecamatan Sukorejo , sehingga jabatan Kepala PGA di gantikan oleh Bapak H. Daroini Umar, BA . Masa kepemimpinan beliau terhitung sejak tahun 1974 sampai dengan 1978. Pada tahun 1978 Bapak H. Daroini Umar,BA di mutasikan ke MTs Carangrejo. Pada masa inilah terjadi peralihan nama dari PGA 4 tahun menjadi Madrasah Tsanawiyah Al-Mukarrom . Peralihan nama ini disebabkan karena adanya aturan pemerintah yang menghapus PGA swasta untuk di pusatkan di PGA Negeri Ponorogo.
Madrasah Tsanawiyah Al-Mukarrom ini berada di bawah naungan Lembaga Pendidikan Ma’arif Cabang Ponorogo. Perkembangan Madrasah Tsanawiyah Al-Mukarrom dari tahun ke tahun mengalami kemajuan yang sangat pesat. Pada tahun 1978 selanjutnya jabatan Kepala MTs Al-Mukarrom di teruskan oleh Bapak H. Abu Amin, BA sampai pada tahun 2000. Atas Surat Keputusan Lembaga Pendidikan Ma’arif Cabang Ponorogo jabatan Kepala MTs Al-Mukarrom ditugaskan kepada Bapak H. Soerjadi, BA.pada tahun 2006 diadakan pemilihan kepala sekolah dan Bpk Drs. MANSUR mendapat kepercayaan untuk memimpin Madrasah masa kepemimpinan 3 tahun. Setelah masa bhakti kepemimpinan kepala sekolah 3 tahun telah selesai maka diadakan pemilihan kepala madrasah dan pada tahun 2009 diadakan lagi pemilihan kepala madrasah Tsanawiyah Ma’arif Al Mukarrom masa bhakti 4 tahun dan Bpk Drs. MANSUR mendapat kepercayaan lagi untuk memimpin Madrasah Tsanawiyah Ma’arif Al Mukarrom sampai tahun 2013, pada tanggal 1O ktober 2013 diadakan pemilihan kepala madrasah secara demokrasi, dan Bpk Drs Agus yahya mendapatkan kepercayaan untuk memimpin MTs Ma’arif Al Mukarrom masa bhakti 4 tahun dari tahun 2013-2017, selama kepala Madrasah yang baru belom dilantik maka MTs Ma’arif Al Mukarrom masih dipegang oleh PJS Drs. Mansur, pada tanggal 30 November 2013 diadakan pelantikan kepala madarasah yang baru oleh pimpinan Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Cabang Ponorogo, yang diikuti oleh semua guru dan karyawan, Pengurus, Komite, Tokoh Masyarakat, perwakilan KKN Pulosari. Sejak saat itu MTs Ma’arif Al Mukarrom telah sepenuhnya dipimpin oleh Drs Agus Yahya sampai pada tahun 2017.
Pada tanggal 07 September 2015 dilaksanakan Visitasi Akreditasi MTs Al Mukarrom oleh Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN-SM) Propinsi Jawa Timur dan Nilai Akreditasi mendapatkan Status A dengan nilai Akhir 88, sesuai dengan SK Nomor: 175/BAP-S/M/SK/X/2015, tertanggal 27 Oktober 2015 dan berlaku sampai dengan tanggal 27 Oktober 2020, yang ditanda tangani oleh ketua Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN-SM) Propinsi Jawa Timur : Prof. Dr.M.V. ROESMININGSIH, M.Pd